En 1944, Julien, pensionnaire dans un collège catholique, se lie d'amitié avec Jean, un nouveau venu énigmatique qui partage son dortoir. De retour en France après 10 ans d'exil aux États-Unis, Louis Malle fait appel à ses souvenirs d'enfance pour livrer l'émouvante chronique d'un pensionnat sous l'Occupation. L'histoire de deux écoliers qui semblent partager les mêmes inquiétudes, mais quand l'un gardera ses privilèges, l'autre sera renvoyé au sort le plus atroce.